Початкову освіту здобув вдома. Навчався в гімназії у Кракові, в університеті у Вроцлаві, в колегії єзуїтів у Хирові. У 1888 Шептицький вступив до Добромильського монастиря отців Василіян, де склав чернечі обіти і прийняв ім’я Андрей. Одночасно він продовжував навчання у Краківському університеті. В 1892 єпископ Юліан Пелеш висвячує його на священника.
З 1901 року – митрополит Української греко-католицької церкви. За його ініціативою у 1905 був створений Львівський національний музей а в 1914 - український університет у Львові.
Шептицький багато подорожував з духовною місією. Але де б він бував, чи то в Італії, чи Великобританії, Бельгії, Канаді, чи США, завжди відстоював права українців. На початку Першої світової війни Митрополита було ув’язнено. Роки вигнання у Російській імперії Шептицький використав для поширення ідей греко-католицької церкви.
У роки Другої світової війни Андрей Шептицький залишався духовним лідером українців. З його благословення 30 червня 1941 року проголошено Акт відновлення Української держави.
У роки Голодомору видав пастирське послання на підтримку голодуючих і зібрав декілька вагонів зерна. Ця допомога в Україну не потрапила, бо радянська влада заперечувала сам факт голоду і відмовлялася від будь-якої допомоги.
У роки Голокосту налагодив мережу порятунку євреїв. Причетний до порятунку 200-та єврейських дітей, 15 із яких переховувалися у митрополичій резиденції.
Митрополит Андрей Шептицький здійснив реформу богословської освіти, яка надала можливість готувати високоосвіченних священників. Увів у церковне богослужіння живу українську мову. Створив у Львові вісьмикласну класичну гімназію, підтримував українське приватне шкільництво, щедро спонсорував українські культурно-просвітницькі товариства.
Помер Андрей Шептицький 1 листопада 1944 року. Львів прощався зі своїм наставником п’ять днів. Похований був у підземеллі собору Святого Юра.
